当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰•哈蒙德（理查德•阿滕伯勒 Richard Attenborough 饰）曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士（杰夫•高布伦 Jeff Goldblum 饰），邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉（朱丽安•摩尔 Julianne Moore 饰）已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。
生化制药厂的老板Franklin（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）提供大量资金供让Susan McAlester博士（萨弗蓉·布罗斯 Saffron Burrows 饰）研究抗老年痴呆症的药物。Susan和研究小组在设备精良的海底研究中心，提取鲨鱼脑中蛋白质，注入坏死的人类脑细胞。为了可以提取到萃取更多的鲨鱼脑蛋白，Susan也同时加大了鲨鱼们的脑容量。这一举动让本来作为试验品的鲨鱼们变得更为强壮和聪明。鲨鱼专家Carter（托马斯·简 Thomas Jane 饰）因和鲨鱼们朝夕相
